本發明係一種貨櫃車管理方法及系統。在貨櫃車之一車頭設置一處理單元、一駕駛員辨識模組、一第一配對模組、一第一鎖定模組及一第二鎖定模組,該第一鎖定模組連接該車頭之一引擎,該第二鎖定模組連接該車頭之一車板連結機構。在一車板上有一第二配對模組。當該駕駛員辨識模組輸入之一駕駛員辨識訊息不正確時,該處理單元啟動該第一鎖定模組而鎖定該引擎;當該第一配對模組與該第二配對模組不相匹配時,該處理單元啟動該第二鎖定模組而鎖定該車板連結機構,使該車板連結機構無法連結該車板。亦即,當駕駛員身份、車頭與車板三者之配對正確時,車板上之貨櫃才能被運輸。